Checking your work

Andrew Irwin, a.irwin@dal.ca

2024-03-12

Plan

  • Why is testing important?

  • Testing data

  • Testing code

  • Examples

  • Application in this course

Data error

Computing error

Why is testing important?

  • Visualizations are powerful and help people draw conclusions

  • Data errors and misunderstandings can corrupt your work

  • Mistakes in analysis (summarize, grouping, calculations) can lead to wrong conclusions

  • Checking (manually and automatically) your work improves confidence

  • If you return to a project later, or give it to someone else, misunderstandings can lead to misinterpretation

Testing data

  • Were the data read correctly by R (numbers, text, dates, missing values)?

  • Are the expected numbers of rows and columns present? Is there a way to check?

  • Are any values impossible? (Negative counts or lengths.)

  • Changes in units? (Lots of “outliers”) Human-coded numbers (commas, spaces, scales like M, K for millions and thousands)

  • Spelling errors, abbreviations, or variants? Capitalization. Extra spaces.

  • Duplicated data?

  • Date formatting. Times and time zones.

How to test data?

Most powerful and easiest to use techniques:

  • Summary tables: counts, means, ranges

  • Simple visualizations: histograms, boxplots, scatter plots

Check the “obvious” things.

Testing calculations

  • Test your code on sample or simulated data

  • Perform a part of the calculation by hand to independently check a result

  • Positive and negative controls (just like experiments)

  • Provide a test dataset and correct report for future users to check

Example: Jelly bean data

Key variables: treatment, flavour, reaction time, accuracy. Data.

jelly |> kable() |> kable_styling(full_width = FALSE)
initials treatment trial_number flavour reaction_time_in_sec accuracy_0_incorrect_1_correct x7 x8 x9 x10 x11 x12 x13 x14 x15 x16 x17 x18 x19 x20 x21 x22 x23 x24 x25 x26 x27
PKL control 1 orange 7.2 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
PKL control 2 strawberry 7.6 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
PKL control 3 cherry 10.1 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LAG experimental 1 orange 10.15 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LAG experimental 2 bubblegum 12.24 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LAG experimental 3 lemon 10.52 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KAD experimental 1 orange 12.8 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KAD experimental 2 coconut 13.2 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KAD experimental 3 lemon 23.95 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
CEB Control 1 grape 13.25 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
CEB control 2 coconut 18.5 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
CEB control 3 banana 14.86 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
VTC control 1 banana 35.29 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
VTC control 2 cocnut 6.65 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
VTC control 3 strawberry 38.68 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
PVG experimental 1 grape 21.2 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
PVG experimental 2 coconut 16.25 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
PVG experimental 3 orange 9.79 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AED experimental 1 lemon 26.5 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AED experimental 2 grape 11.5 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AED experimental 3 cherry 50.4 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RLH control 1 coconut 4.5 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RLH control 2 orange 2.6 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RLH control 3 cherry 5.3 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LGD control 1 Cherry 35.78 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LGD control 2 Banana 4.43 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LGD control 3 Orange 6.35 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
HKB experimental 1 Orange 23.6 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
HKB experimental 2 Cherry 15.56 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
HKB experimental 3 Grape 20.13 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LOK experimental 1 Cherry 9 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LOK experimental 2 Orange 3.7 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LOK experimental 3 lemon/lime 10.8 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ALB control 1 cherry 5.5 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ALB control 2 orange 7 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ALB control 3 lemon 14 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EKE control 1 Banana 5.2 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EKE control 2 Plum 15.2 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EKE control 3 Watermelon 15.6 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
FACP experimental 1 Apple 14.3 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
FACP experimental 2 Banana 19.4 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
FACP experimental 3 Grape 28.9 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JGD control 1 Coconut 4.08 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JGD control 2 Grape 3.03 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JGD control 3 Orange 5.08 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ZSF experimental 1 Pinapple 11.77 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ZSF experimental 2 Coffee 7.65 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ZSF experimental 3 Coconut 11.03 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EBF control 1 grape 17.9 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EBF control 2 lemon 8 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EBF control 3 orange 19.3 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AKG control 1 lemon 9.1 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AKG control 2 grape 11.11 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AKG control 3 orange 5.38 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
CBC experimental 1 cherry 19.77 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
CBC experimental 2 grape 22.44 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
CBC experimental 3 lemon 35.87 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AL experimental 1 cherry 6.2 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AL experimental 2 grape 21.8 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AL experimental 3 coconut 11.7 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
XAG control 1 Banana 6.49 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
XAG control 2 Grape 4.83 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
XAG control 3 Coconut 30.27 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EKCL experimental 1 Cherry 12.32 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EKCL experimental 2 Orange 9.95 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EKCL experimental 3 Banana 13.9 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ANG experimental 1 lime 12.6 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ANG experimental 2 cherry 10 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ANG experimental 3 coconut 11.6 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AB control 1 bubblegum 7.3 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AB control 2 lemon 12.5 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AB control 3 grape 8 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JF experimental 1 coconut 16.88 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JF experimental 2 orange 8.15 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JF experimental 3 grape 27.17 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
HB control 1 lemon 6.64 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
HB control 2 grape 10.21 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
HB control 3 cherry 6.04 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JB experimental 1 orange 11.39 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JB experimental 2 lemon 9.58 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JB experimental 3 marshmallow 12.05 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
SPE control 1 cherry 3.71 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
SPE control 2 lemon 2.97 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
SPE control 3 blueberry 5.98 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ETH experimental 1 cherry 7.75 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ETH experimental 2 licorice 8.46 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ETH experimental 3 orange 4.26 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
GC control 1 orange 5.35 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
GC control 2 yellow 15.48 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
GC control 3 red 12.12 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
BM experimental 1 orange 7.65 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
BM experimental 2 white 7.48 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
BM experimental 3 purple 9.7 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
HK control 1 Cherry 2.6 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
HK control 2 Grape 5.1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
HK control 3 Lemon 4.9 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JK experimental 1 orange 14.5 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JK experimental 2 coconut 17.23 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JK experimental 3 lemon 15.5 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
CL control 1 Cherry 14.17 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
CL control 2 lemon 29.4 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
CL control 3 cinnamon 5.92 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KM control 1 coconut 12.7 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 2 orange 6.9 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 3 lemon 6.7 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AN experimental 1 orange 9.9 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 grape 9.4 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 banana 5.5 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AM control 1 Banana 4.58 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 2 Cherry 4.7 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 3 Orange 4.73 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EZ experimental 1 Bubblegum 23 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 Lemon 8 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 Grape 11 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
TM control 1 cherry 9.9 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 2 lemon 12.7 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 3 grape 11.2 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MO experimental 3 coconut 12.3 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 orange 20.8 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 cherry 13 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
IR control 1 Cherry 17 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 2 Orange 7 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 3 Lemon 7 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
SW experimental 1 Lemon 16 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 Cherry 17 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 Orange 22 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JP NA 1 Lemon 5.46 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 2 orange 9.87 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 3 cherry 3.62 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
VP experimental 1 apple 21.35 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 apple 9.99 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 banana 28.08 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NW experimental 1 banana 19.96 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 lemon 14.82 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 blueberry 20.73 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
PR control 1 cherry 11.75 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 2 strawberry 24.87 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 3 lemon 10.56 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
IO control 1 banana 14.26 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 2 cherry 8.76 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 3 orange 5.65 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Dw control 1 lime 7.82 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 2 orange 4.69 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 3 cherry 4.81 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Rm experimental 1 orange 16.49 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 lime 12.92 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 cherry 9.86 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Hw control 1 lime 14 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 2 orange 6 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 3 lemon 2 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ER experimental 1 purple 16 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 red 7 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 yellow + white 11 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JORL control 1 orange 6.28 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 2 yellow 3.05 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 3 white 3.32 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
TT control 1 Lemon 11 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
TT control 2 Orange 9 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
TT control 3 Coconut 4 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LM experimental 1 yellow and white 11.56 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 yellow and brown 9.34 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 orange 13.01 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MO experimental 1 orange 15.75 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 coconut 39.41 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 grape 18.4 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
Tw experimental 1 apple 13 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 lemon 12 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 cherry 11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LEM experimental 1 coconut 22.23 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 cherry 15.65 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 orange 6.4 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AJM control 1 grape 40 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 2 orange 7 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 3 banana 3 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ES experimental 1 coconut 28 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 grape 5 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 orange 23 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JT control 1 coconut 3.2 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JT control 2 lemon 2.7 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
JT control 3 lemon 5.6 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KM experimental 1 orange 8.7 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KM experimental 2 lemon 12.91 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KM experimental 3 raspberry 16.15 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MR control 1 watermelon 32 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MR control 2 lemon 5 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MR control 3 grape 53 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MW experimental 1 orange 14 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MW experimental 2 grape 18.8 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MW experimental 3 grape 27.7 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EJS control 1 Yellow White 13.06 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EJS control 2 White 3.28 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EJS control 3 Orange 7.23 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MLM control 1 Orange 48 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MLM control 1 Yellow Brown 19 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
MLM control 1 Purple 24 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
SMS experimental 1 Purple 36 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
SMS experimental 2 Orange 20 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
SMS experimental 3 Red 41 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
DN control 1 Orange 8.6 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
DN control 2 Yellow White 15.5 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
DN control 3 Yellow Brown 12.6 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KS experimental 1 Yellow White 17.8 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KS experimental 2 White 21.5 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KS experimental 3 Orange Lemon 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RAN control 1 Cherry 7.63 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RAN control 2 Coconut 24.82 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
RAN control 3 Orange 3.2 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AVR experimental 1 Lemon 21.53 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AVR experimental 2 Grape 10.75 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
AVR experimental 3 Orange 17.55 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KAM control 1 Orange 7.7 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KAM control 2 Lemon 13.9 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KAM control 3 Lime 10.1 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ECT experimental 1 Orange 19.9 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ECT experimental 2 Banana 18.2 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
ECT experimental 3 Grape 7.1 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
CM control 1 Banana 25.44 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 2 Grape 8.67 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 3 Orange 17.45 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
KA experimental 1 Banana 43.35 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 Lemon 10.76 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 Orange 33.4 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
BP experimental 1 orange 36.74 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 2 purple 18.57 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA experimental 3 yellow and white 31.24 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
EW control 1 purple 4.89 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 2 orange 15.95 0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
NA control 3 yellow and brown NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA

Example: Jelly bean data

jelly |> count(treatment) |> kable() |> kable_styling(full_width = FALSE)
treatment n
Control 1
control 112
experimental 114
NA 1

Example: Jelly bean data

jelly |> count(flavour) |> kable() |> kable_styling(full_width = FALSE)
flavour n
Apple 1
Banana 9
Bubblegum 1
Cherry 10
Coconut 5
Coffee 1
Grape 9
Lemon 9
Lime 1
Orange 20
Pinapple 1
Plum 1
Purple 2
Red 1
Watermelon 1
White 2
Yellow Brown 2
Yellow White 3
apple 3
banana 7
blueberry 2
bubblegum 2
cherry 19
cinnamon 1
cocnut 1
coconut 14
grape 18
lemon 23
lemon/lime 1
licorice 1
lime 4
marshmallow 1
orange 32
purple 4
raspberry 1
red 2
strawberry 3
watermelon 1
white 2
yellow 2
yellow + white 1
yellow and brown 2
yellow and white 2

Example: Jelly bean data

jelly |> count(tolower(flavour)) |> kable() |> kable_styling(full_width = FALSE)
tolower(flavour) n
apple 4
banana 16
blueberry 2
bubblegum 3
cherry 29
cinnamon 1
cocnut 1
coconut 19
coffee 1
grape 27
lemon 32
lemon/lime 1
licorice 1
lime 5
marshmallow 1
orange 52
pinapple 1
plum 1
purple 6
raspberry 1
red 3
strawberry 3
watermelon 2
white 4
yellow 2
yellow + white 1
yellow and brown 2
yellow and white 2
yellow brown 2
yellow white 3

Example: Sorting

jelly |> count(tolower(flavour)) |> arrange(n) |>
  kable() |> kable_styling(full_width = FALSE)
tolower(flavour) n
cinnamon 1
cocnut 1
coffee 1
lemon/lime 1
licorice 1
marshmallow 1
pinapple 1
plum 1
raspberry 1
yellow + white 1
blueberry 2
watermelon 2
yellow 2
yellow and brown 2
yellow and white 2
yellow brown 2
bubblegum 3
red 3
strawberry 3
yellow white 3
apple 4
white 4
lime 5
purple 6
banana 16
coconut 19
grape 27
cherry 29
lemon 32
orange 52

Example: Histogram

jelly |> mutate(reaction_time_s = as.numeric(reaction_time_in_sec)) |>
  ggplot(aes(reaction_time_s, fill = factor(accuracy_0_incorrect_1_correct))) + geom_histogram(binwidth = 1)

Example: Histogram

jelly |> mutate(reaction_time_s = as.numeric(reaction_time_in_sec)) |>
  ggplot(aes(reaction_time_s, fill = treatment)) + geom_histogram(binwidth = 1)

Example: Counts

jelly |> count(accuracy_0_incorrect_1_correct, treatment) |> kable() |> kable_styling(full_width = FALSE)
accuracy_0_incorrect_1_correct treatment n
0 control 45
0 experimental 87
1 Control 1
1 control 67
1 experimental 26
1 NA 1
NA experimental 1
jelly |> mutate(reaction_time_s = as.numeric(reaction_time_in_sec)) |>
  ggplot(aes(factor(accuracy_0_incorrect_1_correct), treatment)) + geom_count()

Summary: testing in this course

  • We are not routinely testing data or code in this course

  • You should be aware of the way errors get into analyses and that there are methods for guarding against them

  • You should do some checking of the data in your term project, but it’s not an assigned part of the work